パスツールは酒の病気から人間の病気へ研究の分野を移していきます。この時代、病原菌の研究には、もう一人の偉大な学者がいました。ロバート・コッホ（1843−1910）です。コッホは結核菌やコレラ病原菌の発見者としてよく知られていますが、彼の輝かしい業績は、細菌をそれが好む培地で培養する方法を編み出したことによって達成されました。　　
　特定の微生物を他の微生物とまじることなく、純粋に培養するためには、まず無菌の培地が必要です。そして、そこへねらい定めた細菌をうまく植えつける。コッホはそれをやりました。もし、これが酵母に応用できるならば、自然の発酵にまかせきりになっていた醸造、いわば神だのみの酒つくりは、ようやく科学的管理に向かって動きだすはずです。　　
　この微生物学を基礎とした「無菌化」と「純粋培養」の複合技術を醸造の現場へどうやってフイードバックするか。実用化に取り組んだのはビールです。なぜか。ビールはワインよりもずっと腐りやすかったからです。はしなくも、ここに酒造技術の果たすべき役割の第一が何であったかが示されています。　　

　ビールと同じように、清酒もまたしばしば腐らせてしまう失敗をしていました。無事に発酵が終わったあとに雑菌が繁殖して腐るのはバストリゼーションで防げます。日本ではパスツールより早く、「火入れ」と呼ぶ殺菌法を独自に開発していました。原理は同じです。　　
　しかし、腐造の一番起こりやすいのは、糖化から発酵初期にかけての、糖分が豊富にある時期です。酵母によるアルコール発酵が旺盛となる前の、いわゆる甘酒の状態は、バクテリアにとって、生育にとても都合のよい培地なのです。そこで経験的にいろいろな予防法が工夫され、受け継がれてきました。　　
　清酒の生元^*づくりにみられる乳酸菌の増殖はその一例です。ビールでも爽やかな苦みをつけるホップに、じつは防腐効果が秘められているのです。しかしこれらは、ブドウ果汁に含まれる酒石酸やリンゴ酸の働きには及びません。果汁は、有機酸をかなり含んでいるために、ｐHが低い。ｐHが低いということは、微生物が繁殖しにくいということです。　　
　ビールの醸造工程で通り抜ける麦芽汁の状態には、ブドウ果汁のような雑菌に対するガ−ドがまったくありません。　　
　パスツール以前、ビーリレの品質に雑菌がどのような影響を及ぼしているのか誰も知らなかった時代、失敗をしないビールーづくりは、麦芽汁を一刻も早く湧きつかせることでした。もう一つ分かっていたのは、冬、気温の低い時期のはうが良いビールができるということです。　　
　　　　　　
　　ここで注釈を入れます。パスツール以世界のビールの殆どすべては上面発酵のビ−ルでした。今日、私達が親しんでいるビールとは違います。その違いは酵母が発酵するときの状態にあって、それを下面発酵型のビ−ルといいます。当時はまだバイエルン地方に限られた特殊な製法でした。低温で発酵せるため、雑菌の繁殖がおさえられ、そ品質の良さが次第に人気を獲得していきます。　　
　もう一つつけ加えますと、イギリスのビールをエールといいますが、それは上面発酵です。ビールとエールの違いについて、ホップを使うものと使わないもの、という説明を聞くことがありますが、それは16世紀中頃までイギリスではホップの風味がなかなか受らいれず、グルートと呼ばれる薬草や香草の類を調合したもので香味づけしたビールが飲まれていたからです。これが昔のエールで、グルートの代わりにホップを使ったものをビールと呼んで区別した時代が100年以上続きました。
　しかし、ホップには微生物をおさえる力がありますから、ビールの方が 保存性は格段によい。風味の違いにもやがてなじんでくる。ということで、イギリスでもホップを使うようになります。その後、ヨーロッパ大陸のビ−ルは下面発酵に転換し、イギリスは上面発酵のままビールづくりを続けているため、下面か上面かがビールとエールの違いとなりました。
　　

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